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Evolutivamente, en un sistema biológico, los organismos que componen la microbiota intestinal son determinados por el tipo y la calidad de alimentación de la persona, siendo diferentes los perfiles de omnívoros, carnívoros y herbívoros. La utilización de un régimen alimentario adecuado que cumpla con las leyes de alimentación, junto con las factores genéticos, interviene en el predominio de unos microorganismos sobre otros.
Algunos estudios han demostrado que la utilización de una dieta de tipo occidental, es decir, con características de ser en mayores proporciones altas en grasas y azúcar, muestran cambios significativos en la composición microbiana intestinal, aunado a la presencia de mayor adiposidad. Es de esta manera que se puede afirmar, que la abundancia o escasez de alimento determinará la presencia o no de especies bacterianas que se reproducen bien cuando hay disponibilidad ilimitada de alimentos o de especies más eficientes cuando los nutrientes son escasos.